29. 05. 2007 tarihinde kabul edilerek yürürlüğe giren 5662 sayılı kanunun Ek 77. maddesi ile Karabük Üniversitesi kurulmuştur. Aynı zamanda Yükseköğretim Kurumu'nun 19.07.2007 tarihli 0180076 sayılı yazısı ile, Zonguldak Karaelmas Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde yürütülen Makine, Metal ve Mobilya Dekorasyon Eğitimi Yüksek Lisans Programları, Karabük Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsüne devredilmiştir.

2007-2008 eğitim-öğretim yılında faaliyete geçen Enstitümüz aşağıda belirtilen Anabilim Dallarında Lisansüstü eğitim hizmeti vermektedir.

Yüksek Lisans Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalı Elektronik ve Bilgisayar Eğitimi Anabilim Dalı Fizik Anabilim Dalı Kimya Anabilim Dalı Matematik Anabilim Dalı Makine Eğitimi Anabilim Dalı Metal Eğitimi Anabilim Dalı Mimarlık Anabilim Dalı Mobilya ve Dekorasyon Eğitimi Anabilim Dalı Makine Mühendisliği Anabilim Dalı Metalürji ve Malzeme Mühendisliği Anabilim Dalı Elektrik-Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı Enerji Sistemleri Mühendisliği Anabilim Dalı Mekatronik Mühendisliği Anabilim Dalı İmalat Mühendisliği Anabilim Dalı

Doktora Makine Eğitimi Anabilim Dalı Metal Eğitimi Anabilim Dalı Mobilya ve Dekorasyon Eğitimi Anabilim Dalı Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalı Makine Mühendisliği Anabilim Dalı Elektrik-Elektronik Mühendisliği Anabilim Dalı Mimarlık Anabilim Dalı Kimya Anabilim Dalı İmalat Mühendisliği Anabilim Dalı